生育種を確認する植物相調査、植物群落の組成や分布状況を確認する植生調査のほか、毎木調査、活力度調査などを行います。

　生体の目視による確認や、足跡や糞などの生活痕から生息種を確認するフィールドサイン法のほか、ネズミ類などの小型哺乳類を捕獲するトラップ法、無人撮影装置やコウモリ類を対象としたバットディテクター（超音波探知器）などを用いた調査を行います。

　生体の目視あるいはタモ網での捕獲による確認のほか、鳴き声による確認、卵や幼生、脱皮殻などの確認により調査を行います。

　定められたルートを歩きながら観察を行うラインセンサス法、調査定点にとどまり周辺の観察を行う定点観察法、その他の方法により調査を行います。

　調査地域を眺望できる見通しの良い場所に調査定点を設定し、出現する猛禽類の確認を行い、行動圏や繁殖行動などを把握します。また、巣および巣周辺の利用状況について調査を行います。

　見つけ採り法、スウィーピング法、ビーティング法、ライトトラップ法およびベイトトラップ法などにより採集をおこない、生息種の確認を行います。

　河川・湖沼に生息する魚類を対象に、投網、タモ網、定置網、セルビン、はえなわなどを使用した捕獲調査を行います。

　河川・湖沼等に生息する底生動物類を対象に、採泥器やコドラート付サーバーネットなどを使用した定量採集、D型フレームネットなどを使用し、さまざまな場所で採集を行う定性採集による調査を行います。

　蘚苔類（コケ類）や地衣類が好む湿った環境を重点的に踏査し、標本を採取します。持ち帰った標本は室内で顕微鏡を用いて同定し、調査地の蘚苔類相・地衣類相を把握します。